Curso intensivo Análisis de expresión diferencial de genes e investigación reproducible con R

08 de octubre – 10 de noviembre de 2022

DESCRIPCIÓN DEL CURSO

El curso incluye todos los elementos necesarios para diseñar y analizar experimentos de expresión diferencial de genes con énfasis en qPCR (quantitative PCR). En este curso aprenderás desde las bases y fundamentos de la extracción de ARN hasta el diseño de tus propios cebadores.

También conocerás los requerimientos más importantes para ejecutar una buena PCR en tiempo real y realizar un análisis de expresión diferencial de genes basado en los métodos más populares: Delta-Delta Ct y Pfaffl. En el marco del paradigma de la Investigación Reproducible, aprenderás a programar y automatizar con R el análisis de control de calidad del ARN, el análisis estadístico y la elaboración de gráficas para publicación.

Entre las técnicas estadísticas que se revisarán en el curso destacan los análisis de varianza y algunas técnicas de análisis multivariado como el Análisis de Componentes Principales, con los que podrás descubrir y comparar patrones de expresión de genes en tus experimentos.

PROGRAMA DEL CURSO

PATROCINA

Doctorado en Biotecnología – Programa conjunto entre la Pontificia Universidad Católica de Valparaíso (PUCV) y la Universidad Técnica Federico Santa María.

Sociedad de Genética de Chile (SOCHIGEN).

Asociación Latinoamericana de Genética (ALAG).

PERFIL DEL PARTICIPANTE

Estudiantes, profesionales o graduados de las ciencias biológicas incluyendo Biología, Biología Marina, Bioquímica, Biotecnología, Microbiología y áreas afines a los recursos biológicos como la agronomía, la acuicultura, las ciencias veterinarias u otras.

DURACIÓN

5 semanas de clases

40 horas de clases (26 sincrónicas – 14 horas de estudio personal y realización de tareas).

Clases jueves de 18:00-20:00 PM y sábados de 10:00 a 14:00 PM.

COSTO

Formas de pago: Contado, crédito y orden de compra empresas.

Costo del curso: CLP$ 200.000 para chilenos; US$200 para extranjeros.

BECAS

50 % de descuento para alumnos de pregrado. Beca otorgada por el Doctorado en Biotecnología.

25 % de descuento para alumnos de postgrado. Beca otorgada por SOCHIGEN y ALAG.

10 % de descuento para Socios de SOCHIGEN o ALAG. Beca otorgada por SOCHIGEN y ALAG.

POSTULACIONES

Cerrado.

REQUISITOS DE POSTULACIÓN

Estadística: curso aprobado de nivel universitario.

Inglés: Los softwares R y Rstudio, así como todas las librerías de análisis estadístico que se usarán en el curso solo están disponibles en inglés. Alumnos sin competencias de lectura en inglés no deberían tomar el curso.

Programación con R: Deseable pero no excluyente. Los alumnos sin experiencia previa en programación con R deben considerar 2 horas de estudio y autoaprendizaje adicional por semana para poder alcanzar una comprensión avanzada de los objetivos de aprendizaje del curso.

EQUIPO DOCENTE

Dra. Débora Torrealba.
Biólogo e investigadora Postdoctoral en la Pontificia Universidad Católica de Valparaíso.
Miembro de SOCHIGEN y ALAG
Grado académico de Doctora por la Universidad de Barcelona.

Dr. José Gallardo Matus.
Profesor de Genética y Genómica Aplicada en la Pontificia Universidad Católica de Valparaíso.
Miembro de SOCHIGEN y ALAG
Grado académico de Doctor en Ciencias por la Universidad de Chile.

PROGRAMA Y DETALLE DE ACTIVIDADES POR DÍA

Clase 1. Introducción al curso. Introducción a la biología molecular y al análisis de expresión de genes.
Clase 2. Programación con R: Importar y explorar datos de cuantificación y calidad de ARN.
Clase 3. Diseño de cebadores para qPCR.
Clase 4. Eficiencia de los cebadores y optimización de qPCR.
Clase 5. Programación con R: Visualización y manipulación de datos con ggplot2 y dplyr.
Clase 6. Diseño y ejecución de qPCR.
Clase 7. Genes de referencia.
Clase 8. Programación con R: Exploración de datos de CT.
Clase 9. Cálculo de la expresión génica relativa con los métodos Delta-Delta Ct y Pfaffl.
Clase 10. Programación con R: Inferencia estadística y análisis de expresión de genes.
Clase 11. Programación con R: Métodos no paramétricos para el análisis de expresión de genes.
Clase 12. Programación con R: Introducción al análisis multivariado de expresión de genes.
Clase 13. Programación con R: PERMANOVA y Análisis de componentes principales.

RECURSOS DE APRENDIZAJE

– Rstudio: Cuenta Rstudio.cloud por 2 meses.
– Material docente: Clases, guías de aprendizaje y códigos de programación para el análisis de genes.

CERTIFICACIÓN

Se entregará certificación de PARTICIPACIÓN del curso a los alumnos que alcancen un 80% de asistencia a las clases sincrónicas y que realicen de forma satisfactoria el 80% de las tareas del curso con R.

La certificación oficial de PARTICIPACIÓN del curso se entregará durante primera quincena de diciembre de 2022.